home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 March / macformat-022.iso / Shareware City / Science / RasMol2 / TODO < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-10-28  |  2.8 KB  |  66 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1. # File TODO
  2. # RasMol2, Roger Sayle
  3. # Glaxo Research and Development
  4. # Last Modified 24/10/94
  5.  
  6. # Current Projects:
  7.  
  8. [1] POVRay output file format.
  9. ------------------------------
  10.     Implement a "write povray" command, potentially based upon
  11.     Eric Suchanek's "pdb2pov" program much like "Personal 
  12.     Computer-based Visualization of Molecular Models by
  13.     Available Ray-tracing Software", Arnold S. Dion, J. Mol. Graph.,
  14.     Vol.12, March 1994, p.41-44.
  15.  
  16. [2] Improve method used to atomic determine bonding.
  17. ----------------------------------------------------
  18.     Create a table of bonding radii for each element type. Modify
  19.     DetermineBonds in molecule.c to accept a boolean parameter to
  20.     specify whether a fixed radii is used or the bonding table.
  21.     By default use fixed method for molecules with >255 atoms and
  22.     the accurate method for smaller molecules. Add a command 
  23.     "CONNECT" to force re-calculation of connectivity with a
  24.     boolean parameter
  25.  
  26. [3] Stereo Left/Right [Hardware?] Images.
  27. -----------------------------------------
  28.     By using a data structure to describe the current frame buffer
  29.     containing information such as width, height, bytes per line 
  30.     and a pointer to the buffer, it should be possible to implement
  31.     different eye views to either side-by-side in a single image
  32.     of two separate images. The latter can then be used to support
  33.     the "SGIFullScreenStereo" X extension.
  34.  
  35. [4] Add Gausian and MOPAC format files.
  36. ---------------------------------------
  37.     This requires a "torsional driver" to handle atom co-ordinates
  38.     in "internal" z-matrix format. Clever parsing of these files
  39.     avoids the need for babel's internal/cartesian distinction.
  40.  
  41. [5] Add support for thick ribbons.
  42. ----------------------------------
  43.     Add the command "set ribbons <number>" to specify the depth
  44.     of the ribbon strand. Currently solid ribbons have zero depth.
  45.     This should also improve the gouraud shading of ribbons.
  46.  
  47. [6] Write out solid ribbons and strands in vector PostScript.
  48. -------------------------------------------------------------
  49.     Create a structure to store the complete knot description at
  50.     every alpha carbon. Depth sort these knots as part of the
  51.     painter's algorithm. Write them out in the PostScript using
  52.     suitable macros. Need to handle oblique polygons specially,
  53.     and may need to subdivide to more accuracy than when rendering
  54.     on the screen.
  55.  
  56. [7] Improve Cylinder Quality.
  57. -----------------------------
  58.     The current algorithm for rendering cylinders for stick
  59.     bonds and backbones is slower and less efficient than it
  60.     could be. This also results in strange aliasing effect 
  61.     for oblique cylinders. Correcting these problems should
  62.     permit cylinders of much large diameter, such as cylinder
  63.     representations of helices. Similarly add the ability to
  64.     have flat (and rounded) cylinder ends.
  65.  
  66.